二代測(cè)序——RNA甲基化的概念、作用和檢測(cè)方法

RNA 甲基化概念及位置：RNA 甲基化是在 RNA 分子上添加甲基基團(tuán)，其中 N6 - 甲基腺苷（m6A）是**常見(jiàn)的一種 RNA 甲基化修飾形式，它主要發(fā)生在 mRNA（信使 RNA）的腺嘌呤（A）殘基上。

作用

1、影響 RNA 的穩(wěn)定性：m6A 修飾可以影響 mRNA 的穩(wěn)定性。例如，一些帶有 m6A 修飾的 mRNA 更容易被降解，從而調(diào)控基因表達(dá)的時(shí)間和水平。2、調(diào)節(jié) RNA 的剪接和翻譯：m6A 修飾還能夠調(diào)節(jié) mRNA 的剪接過(guò)程，影響不同轉(zhuǎn)錄本的生成。同時(shí)，它也可以在翻譯水平上發(fā)揮作用，影響蛋白質(zhì)合成的效率。

檢測(cè)方法

甲基化 RNA 免疫沉淀測(cè)序（MeRIP - Seq）：這種方法主要是利用特異性識(shí)別 m6A 修飾的抗體，對(duì) RNA 進(jìn)行免疫沉淀富集，然后通過(guò)高通量測(cè)序來(lái)鑒定 m6A 修飾的位點(diǎn)和水平。 高通量測(cè)序是二代測(cè)序嗎？上海嘉安健達(dá)二代測(cè)序技術(shù)

二代測(cè)序——質(zhì)量控制類問(wèn)題

如何評(píng)估二代測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量：主要通過(guò)一些質(zhì)量指標(biāo)來(lái)評(píng)估，如Q值（質(zhì)量值）分布，用于衡量每個(gè)堿基的測(cè)序質(zhì)量；堿基含量分布，檢查四種堿基的比例是否正常；GC含量分布，看是否與預(yù)期的基因組GC含量相符；序列重復(fù)度，評(píng)估數(shù)據(jù)中重復(fù)序列的比例；比對(duì)率，即測(cè)序數(shù)據(jù)與參考基因組比對(duì)上的比例等。影響二代測(cè)序質(zhì)量的因素有哪些：樣本質(zhì)量是關(guān)鍵因素之一，如DNA的純度、完整性和濃度等會(huì)影響文庫(kù)構(gòu)建和測(cè)序結(jié)果；文庫(kù)構(gòu)建過(guò)程中的操作不當(dāng)，如片段化過(guò)度、接頭連接效率低等；測(cè)序儀器的性能和運(yùn)行狀態(tài)，包括試劑的質(zhì)量、測(cè)序芯片的質(zhì)量、儀器的校準(zhǔn)等；生物信息學(xué)分析過(guò)程中的參數(shù)設(shè)置和算法選擇也會(huì)對(duì)**終的結(jié)果質(zhì)量產(chǎn)生影響。 遼寧嘉安健達(dá)二代測(cè)序提供二代測(cè)序結(jié)果怎么分析？

關(guān)于二代測(cè)序的簡(jiǎn)介：

二代測(cè)序技術(shù)(Next-Generation Seguencing,NGS)也稱為高通量測(cè)序技術(shù)，是一種能夠同時(shí)對(duì)數(shù)百萬(wàn)甚至數(shù)十億個(gè) DNA片段進(jìn)行測(cè)序的方法。與傳統(tǒng)的桑格測(cè)序相比二代測(cè)序技術(shù)具有高通量、高準(zhǔn)確性、高靈敏度和低成本等優(yōu)勢(shì)。

二代測(cè)序技術(shù)在大幅提高了測(cè)序速度的同時(shí)，大幅度的降低了測(cè)序成本，保持了高準(zhǔn)確性，以前完成一個(gè)人類基因組的測(cè)序需要3年時(shí)間，而使用二代測(cè)序技術(shù)則需要1周，但其序列讀長(zhǎng)方面比起一代測(cè)序技術(shù)則要短很多，大多只100bp-150bp。

不同二代測(cè)序技術(shù)平臺(tái)的速度

Illumina 測(cè)序平臺(tái)：這是目前市場(chǎng)上應(yīng)用較為***的二代測(cè)序平臺(tái)之一，其測(cè)序速度較快。例如 Illumina NovaSeq 系列，一次運(yùn)行可以在 1-3 天內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)，通量可達(dá)數(shù)億甚至數(shù)十億條讀長(zhǎng)，能夠滿足大規(guī)?；蚪M學(xué)研究和臨床檢測(cè)的需求。

Roche 454 測(cè)序平臺(tái)：Roche 454 測(cè)序系統(tǒng)的測(cè)序速度也較快，其特點(diǎn)是測(cè)序片段比較長(zhǎng)，高質(zhì)量的讀長(zhǎng)能達(dá)到 400bp 左右，一次運(yùn)行可以在 24 小時(shí)左右完成對(duì)一定數(shù)量樣本的測(cè)序。

BGISEQ 系列：華大智造的 BGISEQ 系列測(cè)序儀在速度上也有出色表現(xiàn)，如全球二代測(cè)序速度**快設(shè)備 E25 量產(chǎn)，為快速測(cè)序提供了有力支持 二代測(cè)序包括全基因組測(cè)序和全外顯子測(cè)序。

二代測(cè)序——基因組測(cè)序該測(cè)幾個(gè)G？②

人類全外顯子組測(cè)序

人類全外顯子組*占基因組的1%-2%，大小約為30M-60M左右，但通常需要較高的測(cè)序深度來(lái)確保外顯子區(qū)域的變異檢測(cè)準(zhǔn)確性，一般測(cè)序深度在100X-200X之間，數(shù)據(jù)量大約在3G-12G左右。全外顯子組測(cè)序主要關(guān)注編碼蛋白質(zhì)的外顯子區(qū)域，能夠高效地檢測(cè)出與疾病相關(guān)的基因突變，常用于遺傳病的診斷、**基因突變篩查等研究。

動(dòng)植物基因組測(cè)序

常見(jiàn)動(dòng)植物：對(duì)于一些常見(jiàn)的動(dòng)植物物種，如水稻、小鼠等，其基因組大小與人類基因組相近或更小。全基因組測(cè)序時(shí)，測(cè)序深度一般在10X-30X左右，數(shù)據(jù)量在30G-90G之間。如果是進(jìn)行重測(cè)序或特定性狀相關(guān)的研究，測(cè)序深度可根據(jù)具體情況適當(dāng)調(diào)整。

復(fù)雜基因組的動(dòng)植物：部分動(dòng)植物的基因組較大且復(fù)雜，例如某些魚(yú)類、植物的多倍體物種等，其基因組大小可能達(dá)到數(shù)G甚至數(shù)十G。對(duì)于這類物種的全基因組測(cè)序，測(cè)序深度可能在5X-10X左右，數(shù)據(jù)量也會(huì)因基因組大小而異，從幾十G到數(shù)百G不等。 基因組重測(cè)序是二代測(cè)序嗎？上海嘉安健達(dá)二代測(cè)序運(yùn)用

一代、二代、三代測(cè)序的區(qū)別是什么？上海嘉安健達(dá)二代測(cè)序技術(shù)

什么樣本可以做二代測(cè)序？①

1、血液樣本

全血：這是**常見(jiàn)的樣本類型之一。血液中含有白細(xì)胞，其細(xì)胞核內(nèi)有完整的基因組DNA。通過(guò)提取白細(xì)胞中的DNA，可以進(jìn)行全基因組測(cè)序、全外顯子組測(cè)序等。例如，在遺傳病的基因診斷中，抽取患者的全血，提取DNA后，對(duì)與疾病相關(guān)的基因或整個(gè)外顯子組進(jìn)行測(cè)序，以尋找致病突變。

血漿/血清：其中含有游離的DNA（cfDNA）和RNA（cfRNA）。在**患者中，腫瘤細(xì)胞會(huì)釋放其DNA片段進(jìn)入血液循環(huán)，這些cfDNA被稱為循環(huán)**DNA（ctDNA）。通過(guò)對(duì)血漿中的ctDNA進(jìn)行測(cè)序，可以實(shí)現(xiàn)**的早期篩查、***過(guò)程中的動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)等。例如，對(duì)于肺*患者，檢測(cè)血漿中的ctDNA來(lái)追蹤**的基因突變情況，為靶向***提供依據(jù)。 上海嘉安健達(dá)二代測(cè)序技術(shù)

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